Науковий семінар Інституту біохімії ім. О.В.Палладіна працює з 1998 р.
Науковий керівник - член-кор. НАН України, проф. Костерін С.О.
На семінарі заслуховуються доповіді із актуальних питань сучасної біохімії, молекулярної та клітинної біології, біофізики та біофізичної хімії, апробуються кандидатські та докторські дисертації. Засіданням семінару передує розсилка тез авторських доповідей шляхом електронної пошти.
Запрошуємо до участі у роботі нашого семінару (типовий день засідань - вівторок, 10:30, Актова зала інституту).
До учасників наукового семінару "Проблеми сучасної біохімії" Інституту біохімії ім. О.В.Палладіна НАН України, а також до тих колег, які планують приєднатися до нас!
Запрошую Вас та Ваших колег прийняти участь у роботі семінару.
З повагою - С.О.Костерін.
Наступний семінар:
Шановні колеги, день добрий! В Інституті біохімії ім. О.В.Палладіна НАН України
продовжує свою роботу НАУКОВИЙ СЕМІНАР. 8-го червня (ВІВТОРОК) о 10-30 ранку
будемо слухати доповідь пров.н.с. лабораторії специфічної профілактики краплинних інфекцій
ДУ “ІМІ ім. І.І. Мeчникова АМН України” к.б.н. Лиманської О.Ю.
“Молекулярні технології в типуванні та детекції патогенів бактеріальної і вірусної етіології”.
Традиційно авторські тези доповіді маєте у файлі, що додається.
Запрошуємо Вас до участі у роботі нашого семінару. З повагою - С.О.Костерін.
пров.н.с. лабораторії специфічної профілактики краплинних інфекцій
ДУ “ІМІ ім. І.І. Мeчникова АМН України”Лиманської О.Ю.
“Молекулярні технології в типуванні та детекції патогенів
бактеріальної і вірусної етіології”
Актуальність. Незважаючи на різноманіття методів детекції та типування інфекційних агентів як вірусної, так і бактеріальної етіології, залишається актуальним питання підвищення якісного рівня індикації та диференціації патогенів на основі молекулярно-генетичних технологій. Для вирішення ряду задач в області молекулярної медицини та біотехнології широке розповсюдження отримали ДНК-маркери, активне використання яких обумовлено, з одного боку, обмеженнями, властивими фенотиповим методам, а з іншого боку, розвитком методичної бази та появою нових методологічних підходів.
Мета роботи полягала в розробці молекулярних технологій диференціації та детекції патогенів людини та тварин з використанням сучасних методологічних підходів на основі структурної організації їх геномів.
Методи дослідження. Для досягнення мети та вирішення поставлених у роботі задач використовували наступні методи дослідження: комп’ютерний аналіз секвенованих послідовностей генів або їх фрагментів патогенів людини та тварин, полімеразну ланцюгову реакцію, УФ-спектроскопію з термічною денатурацією, атомно-силову мікроскопію.
Результати. У роботі створено молекулярну технологію диференціації мікобактерій туберкульозу дикого типу та резистентних до протитуберкульозного препарату першого ряду ізоніазиду з використанням LNA-модифікованих праймерів. Розроблено технологію визначення варіантів точкових мутацій в кодоні 315 гена katG мікобактерій туберкульозу, асоційованих з резистентністю до ізоніазиду, на основі алель-специфічної ПЛР з додатковим блокуючим праймером. Ефективність пропонованого підходу продемонстрована з використанням ДНК, екстрагованої із штамів M. tuberculosis з різним рівнем резистентності до ізоніазиду.
На основі поліморфізму поодиноких нуклеотидів гена gyr B з використанням методики хитного нуклеотида, локалізованого на 3'-кінці одного з праймерів, розроблено молекулярно-генетичні набори для: 1) диференціації близькоспоріднених мікобактерій туберкульозного комплексу M. tuberculosis, M. canettii, M. microti, M. bovis та M. caprae; 2) видоспецифічної детекції бактерій групи B. сereus; 3) для родо- та видоспецифічної детекції протеїв. Для диференціації патогенних і непатогенних штамів B. anthracis сконструйовану видоспецифічну тест-систему доповнено праймерами, комплементарними послідовностям плазмід pXO1 та pXO2, що визначають вірулентність штаму.
Створено молекулярно-генетичні тест-системи для детекції та генотипування шести видів патогенних та непатогенних лістерій шляхом проведення гніздової ПЛР.
Проведено типування одного з розповсюджених ретровірусів тварин – вірусу лейкозу великої рогатої худоби (ВРХ), циркулюючого в Україні, та за результатами ПДРФ-аналізу та секвенування встановлено належність українського ізоляту до австралійського підвиду – одного з трьох відомих підвидів цього патогена. Розроблено набір праймерів для детекції провірусної ДНК іншого небезпечного ретровірусу тварин – вірусу імунодефіциту ВРХ.
Вперше проведено пошук досконалих і недосконалих інвертованих та поліпурінових /поліпирімідінових дзеркально-симетричних повторів з потенціалом утворення шпилькових структур та триплексів відповідно у провірусній ДНК зазначених ретровірусів, створено фізичні карти локалізації шпилькових структур та триплексів. Показано, що розподіли шпильок та триплексів у геномах ретровірусів тварин відрізняються якісно та кількісно. Запропоновано моделі потенційних міжланцюгових триплексів у провірусній ДНК обраних ретровірусів. Створено фізичні карти локалізації термодинамічно стабільних досконалих та недосконалих шпилькових структур в геномній РНК низки коронавірусів людини та тварин. Запропоновано побудовані карти локалізації неканонічних структур використовувати для структурної диференціації геномів вірусів та бактерій.