Телефонний довідник

Ukrainian English French German Italian Latvian Lithuanian Polish Spanish

Шановні колеги, вітаю Вас! Науковий семінар Інституту біохімії ім. О.В.Палладіна НАН України «Актуальні проблеми сучасної біохімії» продовжує свою роботу. 5 квітня 2016 р. (вівторок) о 10-30 в Актовій залі Інституту будемо слухати доповідь доцента кафедри загальної та молекулярної генетики ННЦ "Інститут біології" Київського національного університету імені Тараса Шевченка к.б.н. К.С.Афанасьєвої. Тема доповіді: «Організація петельних доменів ДНК у ядрах еукаріотів: дані кометного електрофорезу». Авторські тези доповіді, як завжди, додаються. Запрошуємо Вас та Ваших колег до участі у роботі нашого семінару.
З повагою – С.О.Костерін.

Організація петельних доменів ДНК у ядрах еукаріотів: дані кометного електрофорезу

К.С.Афанасьєва, доцент кафедри загальної та молекулярної генетики, ННЦ "Інститут біології", Київський національний університет імені Тараса Шевченка

В інтерфазному ядрі хроматин організований у вигляді відносно автономних структур – петельних доменів, різноманітних за способом фіксації їх кінців, розміром та стабільністю. Наприклад, частина таких петель може з’являтись як наслідок транскрипційної активності – за рахунок об’єднання регуляторних елементів декількох генів в єдину транскрипційну фабрику. Інша частина петельних доменів може бути асоційована із структурними білками ядра (ламіною та білками нуклеоплазми) або взагалі виникати в результаті ефектів молекулярного скупчення (molecular crowding) ділянок хроматинової фібрили у клітинному ядрі.

Одним із підходів, який має відношення до аналізу петельних доменів хроматину, є метод електрофорезу ДНК ізольованих клітин (кометного електрофорезу). В основі методу лежить аналіз міграції ДНК із нуклеоїдів, отриманих шляхом стандартної процедури лізису клітин в агарозних блоках. За нейтральних значень рН при електрофорезі нуклеоїдів, отриманих з інтактних клітин, міграція ДНК забезпечується витягуванням до аноду надспіралізованих петельних доменів. Застосування кінетичного підходу для дослідження формування треку ДНК при електрофорезі дозволило встановити ряд характеристик організації петельних доменів: (1) частку петель, які мігрують до аноду на різних етапах електрофорезу, та їх розмір у клітинах різних типів; (2) кінетичні параметри міграції петельних доменів; (3) рівень вихідної надспіралізації петель у нуклеоїді; (4) частку петель, міграція яких виявляється чутливою до рівня їх над спіралізації; (5) особливості взаємодії петельних доменів із білками нуклеоїду; (6) особливості розподілу петельних доменів за розміром тощо.