GoogleTranslate

Ukrainian Chinese (Traditional) English French German Italian Latvian Lithuanian Polish Spanish
 

Шановні колеги, вітаю Вас! Науковий семінар Інституту біохімії ім. О.В.Палладіна НАН України «Актуальні проблеми сучасної біохімії» продовжує свою роботу. 5 квітня 2016 р. (вівторок) о 10-30 в Актовій залі Інституту будемо слухати доповідь доцента кафедри загальної та молекулярної генетики ННЦ "Інститут біології" Київського національного університету імені Тараса Шевченка к.б.н. К.С.Афанасьєвої. Тема доповіді: «Організація петельних доменів ДНК у ядрах еукаріотів: дані кометного електрофорезу». Авторські тези доповіді, як завжди, додаються. Запрошуємо Вас та Ваших колег до участі у роботі нашого семінару.
З повагою – С.О.Костерін.

Організація петельних доменів ДНК у ядрах еукаріотів: дані кометного електрофорезу

К.С.Афанасьєва, доцент кафедри загальної та молекулярної генетики, ННЦ "Інститут біології", Київський національний університет імені Тараса Шевченка

В інтерфазному ядрі хроматин організований у вигляді відносно автономних структур – петельних доменів, різноманітних за способом фіксації їх кінців, розміром та стабільністю. Наприклад, частина таких петель може з’являтись як наслідок транскрипційної активності – за рахунок об’єднання регуляторних елементів декількох генів в єдину транскрипційну фабрику. Інша частина петельних доменів може бути асоційована із структурними білками ядра (ламіною та білками нуклеоплазми) або взагалі виникати в результаті ефектів молекулярного скупчення (molecular crowding) ділянок хроматинової фібрили у клітинному ядрі.

Одним із підходів, який має відношення до аналізу петельних доменів хроматину, є метод електрофорезу ДНК ізольованих клітин (кометного електрофорезу). В основі методу лежить аналіз міграції ДНК із нуклеоїдів, отриманих шляхом стандартної процедури лізису клітин в агарозних блоках. За нейтральних значень рН при електрофорезі нуклеоїдів, отриманих з інтактних клітин, міграція ДНК забезпечується витягуванням до аноду надспіралізованих петельних доменів. Застосування кінетичного підходу для дослідження формування треку ДНК при електрофорезі дозволило встановити ряд характеристик організації петельних доменів: (1) частку петель, які мігрують до аноду на різних етапах електрофорезу, та їх розмір у клітинах різних типів; (2) кінетичні параметри міграції петельних доменів; (3) рівень вихідної надспіралізації петель у нуклеоїді; (4) частку петель, міграція яких виявляється чутливою до рівня їх над спіралізації; (5) особливості взаємодії петельних доменів із білками нуклеоїду; (6) особливості розподілу петельних доменів за розміром тощо.