Телефонний довідник

Ukrainian English French German Italian Latvian Lithuanian Polish Spanish

  Шановні колеги! Науковий семінар «Актуальні проблеми сучасної біохімії» Інституту біохімії ім. О.В.Палладіна НАН України продовжує свою роботу. 18 квітня (вівторок) о 10-30 в Актовій залі Інституту будемо слухати доповідь С.Н.С. ВІДДІЛУ БІОХІМІЇ ЛІПІДІВ ІБХ К.Б.Н. БЕРДИШЕВА А.Г. «МОЛЕКУЛЯРНИЙ ДОКІНГ І ЙОГО ЗАСТОСУВАННЯ  У ДОСЛІДЖЕННІ БІОХІМІЧНИХ МЕХАНІЗМІВ  ДІЇ N-СТЕАРОЇЛЕТАНОЛАМІНУ». Як завжди, до цього листа додаємо файл із тезами доповіді у авторському виконанні. Запрошуємо Вас та Ваших колег до участі у роботі нашого семінару.
З повагою – С.О.Костерін.

МОЛЕКУЛЯРНИЙ ДОКІНГ І ЙОГО ЗАСТОСУВАННЯ У ДОСЛІДЖЕННІ БІОХІМІЧНИХ МЕХАНІЗМІВ ДІЇ

N-СТЕАРОЇЛЕТАНОЛАМІНУ

С.Н.С. ВІДДІЛУ БІОХІМІЇ ЛІПІДІВ ІБХ ІМ. О.В.ПАЛЛАДІНА НАНУ

К.Б.Н. БЕРДИШЕВ А.Г.

В даний час методи комп'ютерного молекулярного моделювання стають невід'ємною частиною фундаментальних досліджень, спрямованих на вивчення молекулярних механізмів функціонування протеїнів, а також і прикладних проектів, пов'язаних з раціональним дизайном нових лікарських сполук. Метод молекулярного моделювання, метою якого є пошук найбільш достовірної орієнтації і конформації ліганда в центрі зв'язування протеїну-мішені, називається молекулярним докінгом. Молекулярний докінг дозволяє передбачати просторову структуру комплексу рецептор-ліганд і вільну енергію його утворення, виходячи з даних про просторову структуру рецептора, отриманої з роздільною здатністю в кілька ангстрем (наприклад, за допомогою рентгеноструктурного аналізу), і хімічній структурі ліганду. Переваги цього методу очевидні: встановлення ключових амінокислотних залишків в активному центрі протеїну, що дозволяє вивчати структурно-динамічні основи ензематичних реакцій на атомарному рівні; раціональний дизайн лігандів та / або рецепторів з наперед заданою селективністю, кінетичними властивостями тощо. Докінг також використовують у процесі віртуального високопродуктивного скринінгу (сканування) баз даних (англ. Virtual high throughput screening - vHTS), який значно знижує витрати проектів, спрямованих на пошук нових ефективних і селективних лігандів. Внаслідок цього, розвиток та оптимізація алгоритмів докінгу є на даний момент областю активних наукових розробок.

В ході доповіді буде розглянуто теоретичні основи та практичне застосування методу молекулярного докінгу (програмний комплекс AutoDockTools 4.2.2) для дослідження взаємодії ліганду та рецептору на прикладі досліджень механізмів біологічної дії NAE 18:0 N-стеароїлетаноламіну (NSE), що проводяться у відділі біохімії ліпідів Інституту біохімії НАН України під керівництвом чл.-кор. НАНУ проф. Н.М. Гулої.

Ці дослідження стосуються взаємодії NSE з рецепторами PPAR (рецептори, що активуються проліфераторами пероксисом - /peroxisome proliferator-activated receptor PPAR/) і модулюють активність фактору транскрипції NF-kB.

Комп’ютерне моделювання (докінг) взаємодії N-стеароїлетаноламіну з різними субтипами PPAR показало, що величина найменшої енергії зв’язування N-стеароїлетаноламіну є мінімальною для PPARγ. У зв'язуванні молекули NSE з амінокислотними залишками молекули PPAR провідна роль належить залишку етаноламіну у складі NSE.

Результати молекулярного докінгу добре узгоджуються з даними, отриманими із застосуванням селективних інгібіторів та активаторів різних субтипів PPAR ( α-, β/δ- та γ-), які свідчать, що пригнічення N-стеароїлетаноламіном транскрипційної активності NF-κB може бути опосередковано зв’язуванням переважно з PPARγ.